Symtomen på sojaallergi vara lindriga eller svåra och hur lång tid det tar innan de märks varierar mellan olika människor.

Symtomen kan till exempel vara svullna läppar, nässelutslag eller eksem. De kan också komma från mag-tarmkanalen, som magsmärtor, kolik, kräkningar eller diarré. Barn med sojaproteinallergi kan öka dåligt i vikt. En del sojaallergiker får luftrörsbesvär, till exempel astma. Man kan också få allergisk chock av sojaproteinallergi.